Trama
Il gioco è ambientato ad un anno di distanza dal predecessore e viene diviso in nuovi quattro casi di omicidio di cui il protagonista sarà sempre l'avvocato difensore Phoenix Wright.
Caso 1: Un nuovo inizio
Nel primo caso del gioco Phoenix Wright verrà aggredito nella sala imputati del tribunale e ciò gli causerà un amnesia temporanea. Il procuratore del caso sarà Winston Payne e sarà presente anche il detective Dick Gumshoe. Il caso riguarda Maggey Byrde una poliziotta accusata accusata dell'omicidio del suo collega Dustin Prince. L'assassino si rivelerà essere il testimone (e anche il colpevole del amnesia di Phoenix) Richard Wellington Dopo aver vinto il processo riesce grazie Maya Fey a superare la sua amnesia.
Caso 2: Incontri e separazioni
Nel secondo caso Maya viene accusata dell'omicidio del chirurgo di pessima fama Turner Grey. Il procuratore in questo caso sarà Miles Edgenwort e sarà presente il detective Dick Gumshoe. Phoenix per risolvere il caso userà un Magatama. Questo strumento gli permetterà di scoprire se le persone interrogate mentono su particolari dettagli e di smascherarle, spezzando i loro "lucchetti psichici" tramite prove che mostrate al momento giusto faranno apprendere a Phoenix importanti informazioni per vincere il caso. Qui ci sarà un ritorno di personaggi già apparsi in passato come ad esempio Lotta Hart.
Caso 3: Delitto al circo
Nel terzo caso Phoenix si troverà a difendere Maximillion Galactica, un eccentrico artista del circo BigBarry accusato del omicidio di Russell Berry, direttore del circo omonimo. Il procuratore del caso sarà nuovamente Miles Edgenwort affiancato come sempre dal detective Dick Gumshoe. Durante le indagini Phoenix dovrà far luce sui segreti del cast circo che è composto dalla dai seguenti artisti: Il ventriloquo Benjamin Woodman, dal clown Lawrence Curls (Moe) e dai fratelli acrobati Ken Dingling e Sean Dingling (rispettivamete Acro e Bat anche se quest ultimo si trova in stato di coma) e alla figlia di Russell la domatrice di leoni Regina Berry.
Caso 4: Un triste addio
Nel quarto caso Phoenix dovrà dimostrare l'innocenza di Matt Engarde star dello show "Il Samurai di Nichel" il principale sospettato del omicidio del rivale Juan Corrida star dello show "Il Ninja chitarrone" . Il procuratore del caso sarà Miles Edgenwort e sarà presente anche il detetctive Dick Gumshoe. Il caso si svolgerà per la maggior parte del tempo nel Hotel Gatewater dove nella stessa sera, in cui Juan viene ucciso viene anche rapita Maya dal famoso killer Shelly de Killer. La condizione per il rilascio della ragazza è un verdetto d'innocenza per Matt.
Modifiche dal primo capitolo
Una delle introduzioni più importanti è quella dei Lucchetti Psichici ovvero Phoenix a partire dal secondo caso sarà in grado, grazie al Magatama, di vedere i lucchetti che avvolgono i personaggi che mentono su un determinati argomenti. Per far emergere la verità egli dovrà presentare delle prove giuste e non a caso altrimenti subirà delle penalità, come in un contro-interrogatorio. Un' altra modifica importante è stata quella del sistema di penalizzazione. Nel titolo precedente le possibilità di errore erano cinque. A partire da Justice for All i punti esclamativi sono stati sostituiti da una barra verde, la quale in base gravità del errore commesso aumenterà di volta in volta.